Seit 2001 engagiert sich der VCD in der Kooperation »Fahrtziel Natur« für einen naturnahen und umweltverträglichen Tourismus in den deutschen Großschutzgebieten.

Gemeinsam mit der Deutschen Bahn, BUND und dem NABU setzt sich der VCD dafür ein, die Biosphärenreservate, National- und Naturparks als attraktive Reiseziele bekannter zu machen. Um den Touristen die Anreise in eines der schützenswerten Urlaubsgebiete so bequem wie möglich zu machen, fördert die Kooperation außerdem nachhaltige Mobilität vor Ort. Durch die Verlagerung des Freizeitverkehrs auf die umweltfreundliche Schiene, soll vor allem ein Beitrag zur CO₂-Einsparung und zur regionalen Wertschöpfung geleistet werden. Neu seit 2010 sind alle von Fahrtziel Natur beworbenen Ameropa-Angebote mit 100 Prozent Ökostrom erreichbar. Durch den zusätzlichen Bezug von Strom aus erneuerbaren Energien werden anders als bei den umstrittenen Kompensationsansätzen klimaschädliche CO₂-Emissionen von vornherein weitestgehend vermieden.

Dieses Engagement hat der deutsche Reiseverband (DRV) belohnt und das Kooperationsprojekt für den internationalen Umweltpreis Ecotrophea 2008 nominiert - und zwar als einziges deutsches Projekt. Mit dem DRV-Preis werden seit 1987 innovative, wirkungsvolle und beispielhafte Vorhaben prämiert, die Umweltschutz und Tourismus gleichermaßen fördern.